Skyrius, vykdydamas jam pavestus uždavinius, atlieka šias funkcijas:

1. organizuoja Komisijos posėdžius:

1.1. sudaro ir teikia tvirtinti Komisijos posėdžių darbotvarkę;

1.2.parengia pranešimus mokestinio ginčo šalims apie skundo nagrinėjimo Komisijos posėdyje datą, laiką ir vietą;

1.3. parengia Komisijos nariui pranešimo apie mokesčių mokėtojo skundą projektą;

1.4. kontroliuoja, kad posėdžio medžiaga būtų laiku pateikta Komisijos nariams;

1.5. atlieka Komisijos posėdžio sekretoriaus funkcijas;

1.6. įgyvendina mokesčių mokėtojų, nemokančių lietuvių kalbos, teisę per Komisijos posėdį naudotis vertėjo paslaugomis.

2. išnagrinėjus mokestinio ginčo byloje esančius dokumentus ir apibendrinus Komisijos posėdžio metu gautą papildomą informaciją, parengia pasiūlymus dėl Komisijos sprendimo;

3. Komisijai priėmus žodinį sprendimą dėl mokestinio ginčo, parengia rašytinį Komisijos sprendimo projektą, kurį pateikia Komisijos nariams;

4. organizuoja, kad Komisijos priimto sprendimo patvirtintas nuorašas būtų įteiktas mokesčių mokėtojui ir centriniam mokesčių administratoriui;

5. užtikrina bylos šalių atstovų susipažinimą su mokestinio ginčo bylų medžiaga;

6. parengia nuasmenintus Komisijos sprendimus, kurie pagal nustatytą tvarką turi būti skelbiami Komisijos interneto svetainėje;

7. renka, analizuoja ir apibendrina medžiagą Komisijos veiklos klausimais;

8. įvertinus pasiektus rezultatus ir turimus išteklius, išanalizavus aplinkos veiksnius, kurie daro įtaką veiklai, rengia Komisijos strateginius ir metų veiklos planus bei jų vykdymo ataskaitas;

9. analizuoja ir rengia pasiūlymus dėl Komisijos veiklos efektyvumo vertinimo gerinimo pagal Skyriaus kompetenciją;

10. įgyvendina korupcijos ir kitos nesąžiningos veiklos prevencijos procedūras pagal Skyriaus kompetenciją;

11. rengia ir dalyvauja rengiant teisės aktų projektus Komisijos veiklos klausimais;                                                    

12. rengia teisės aktų projektus dėl mokesčių įstatymų ir kitų teisės aktų tobulinimo;                                                 

13. dalyvauja komisijų ir darbo grupių veikloje;                                                                                                         

14. nustato Skyriaus poreikį pirkimams, teikia paraiškas pirkimų planui sudaryti, ruošia kvalifikacinius reikalavimus ir specifikacijas;                                                                                                                                                      

15. Komisijos pirmininkui pavedus, bendradarbiauja su valstybinės valdžios ir valdymo institucijomis ir įstaigomis bei kitomis įstaigomis, institucijomis ir organizacijomis, teikia duomenis Skyriaus kompetencijai priskirtais klausimais;                                                                                                                                                           

16. atstovauja Komisijai Lietuvos Respublikos valstybinės valdžios ir valdymo bei savivaldos institucijose ir įstaigose bei kitose įstaigose ir organizacijose pagal šios pareigybės kompetenciją, Komisijos pirmininkui pavedus;                             

17. vykdo kitas teisės aktų nustatytas funkcijas, Komisijos pirmininko pavedimus.

Skyrius, vykdydamas jam pavestus uždavinius, atlieka šias funkcijas:

1. kontroliuoja rengiamų teisės aktų ir kitų dokumentų atitikimą galiojantiems teisės aktams;

2. atsižvelgiant į nustatytus teisės aktų reikalavimus teikia pasiūlymus dėl įsakymų ir kitų Komisijos parengtų dokumentų pakeitimo, papildymo ar pripažinimo netekusiais galios;

3. rengia procesinių dokumentų, kitų dokumentų, teikiamų teismams, ikiteisminio tyrimo institucijoms, projektus Skyriaus kompetencijai priskirtais klausimais;

4. nustato Komisijos poreikį prekių, paslaugų ir darbų įsigijimui, ruošia techninius reikalavimus (specifikacijas), rengia paraiškas dėl viešųjų pirkimų, vykdo Komisijai reikalingų prekių, paslaugų ir darbų viešuosius pirkimus;

5. rengia Komisijos sutartis, užtikrina, kad Komisijos rengiamos sutartys būtų rengiamos laikantis teisės aktų reikalavimų ir vykdo atsiskaitymų kontrolę pagal Komisijos pasirašytas sutartis;

6. rengia ir teikia ataskaitas Viešųjų pirkimų tarnybai apie Komisijos vykdomus viešuosius pirkimus;

7. teikia Komisijos pirmininkui siūlymus dėl žmogiškųjų išteklių poreikio ir efektyvaus panaudojimo, atsižvelgdamas į Komisijos veiklos tikslus ir uždavinius;

8. padeda Komisijos pirmininkui kurti ir įgyvendinti personalo motyvacijos sistemą;

9. pagal Skyriaus kompetenciją teikia Komisijos pirmininkui siūlymus dėl tarnybos ar darbo organizavimo tobulinimo, atsižvelgiant į teisės aktuose Komisijai nustatytus uždavinius;

10. padeda personalui įgyvendinti teisę į karjerą Komisijoje;

11. padeda Komisijos pirmininkui formuoti mokymo poreikį;

12. dalyvauja rengiant vidaus tvarką reglamentuojančių ir administracijos padalinių veiklą reguliuojančių teisės aktų projektus, struktūrinių padalinių nuostatų ir pareigybių aprašymų projektus;

13. rengia dokumentų projektus dėl valstybės tarnautojų ir darbuotojų priėmimo, atleidimo, perkėlimo, atostogų suteikimo, materialinių pašalpų ir vienkartinių piniginių išmokų skyrimo, tarnybinių ir drausminių nuobaudų skyrimo, priedų, priemokų skyrimo ir kitų dokumentų personalo valdymo klausimais projektus;

14. padeda Komisijos pirmininkui įgyvendinti personalo socialines ir kitas garantijas;

15. rengia konkursus/atrankas į valstybės tarnautojų pareigas ir vykdo priėmimo į pareigas procedūras;

16. atlieka asmens, atsakingo už valstybės tarnautojų registro duomenų tvarkymą, funkcijas bei administruoja personalo duomenis ir jų pokyčius valstybės tarnautojų registre;

17. formuoja, tvarko ir nustatyta tvarka perduoda į Komisijos archyvą personalo asmens bylas ir kitas bylas personalo klausimais; 

18. organizuoja atostogų grafikų sudarymą ir atostogų suteikimą Komisijos darbuotojams, taip pat tvarko darbo ir poilsio laiko apskaitą;

19. organizuoja Komisijos personalo tarnybinės ir darbinės veiklos vertinimą;

20. padeda Komisijos pirmininkui kontroliuoti, kaip asmenys, dirbantys valstybės tarnyboje, vykdo Lietuvos Respublikos viešųjų ir privačių interesų derinimo valstybinėje tarnyboje įstatymo nuostatas;

21. atlieka tarnybinių ir drausminių nusižengimų tyrimus, rengia išvadas ir jas teikia Komisijos pirmininkui;                          

22. supažindina į Komisiją priimtus darbuotojus su Komisijos vidaus tvarkos taisyklėmis, darbo reglamentu, pareigybės aprašymu, informacijos saugumo ir konfidencialumo reikalavimais bei kitais Komisijos veiklą reglamentuojančiais teisės aktais;

23. atlieka korupcijos rizikos analizę Komisijoje, organizuoja Komisijos kovos su korupcija programos ir jos įgyvendinimo priemonių plano rengimą bei vykdymą;

24. teikia Komisijos darbuotojams konsultacijas ir išvadas teisės klausimais;

25. vykdo turto, įsipareigojimų, ūkinių operacijų ir ūkinių įvykių buhalterinę apskaitą bei užtikrina, kad apskaitos informacija būtų tinkama, objektyvi, pateikiama laiku;

26. rengia finansinių ir biudžeto vykdymo ataskaitų rinkinius, kitas pagal buhalterinės apskaitos duomenis sudaromas ataskaitas;

27. rengia reikiamą informaciją ir pasiūlymus dėl strateginių bei metinių veiklos planų ir jų vykdymo ataskaitų sudarymo, parengia programų sąmatas;

28. analizuoja ir rengia pasiūlymus dėl Komisijos veiklos efektyvumo vertinimo gerinimo pagal Skyriaus kompetenciją;

29. tvarko Komisijos interneto svetainę, administruoja Komisijos elektroninį paštą;

30. apskaičiuoja ir deklaruoja Komisijai privalomus mokėti mokesčius ir kitas įmokas;

31. apskaičiuoja ir nustatytu laiku išmoka darbuotojams darbo užmokestį, vykdo darbo apmokėjimui skirtų lėšų panaudojimo kontrolę;

32. rengia ir nustatyta tvarka teikia pranešimus Valstybinio socialinio draudimo fondo valdybos teritoriniam skyriui.

33. užtikrina, kad mokėjimo paraiškos laiku būtų pateiktos Finansų ministerijos Iždo departamentui;

34. atlieka turto ir įsipareigojimų patikrinimus ir metinę inventorizaciją;

35. vykdo išankstinę, einamąją ir paskesniąją finansų kontrolę;

36. tikrina ir vertina Komisijos darbo vietų būklę;

37. aprūpina Komisijos darbuotojus darbo priemonėmis ir kitomis būtinomis materialinėmis vertybėmis, reikalingomis jų darbo vietai įrengti ir funkcijų vykdymui užtikrinti;

38. kontroliuoja, kaip Komisijoje naudojamas ir saugomas inventorius;

39. užtikrina saugos darbe reikalavimų vykdymą ir dalyvauja įgyvendinant teisės aktų, reglamentuojančių darbuotojų saugos ir sveikatos priežiūrą, nuostatas Komisijoje;

40. prižiūri ir tikrina Komisijos patalpų, inžinerinių tinklų ir kiemo panaudojimą ir būklę;

41. priima gautą korespondenciją, atlieka pirminį jos sutvarkymą, užregistruoja, perduoda ją pagal paskirtį arba Komisijos pirmininko rezoliucijoje nurodytiems vykdytojams;

42. kontroliuoja ir kaupia informaciją apie Komisijos darbuotojams pavestų užduočių įvykdymo datas, žymi užduočių įvykdymo faktus, apie užduočių vykdymo eigą informuoja Komisijos pirmininką;

43. priima iš Komisijos darbuotojų siunčiamą korespondenciją, patikrina ją, užregistruoja, esant reikalui užpildo registrus ir išsiunčia;

44. užtikrina Komisijos dokumentų valdymą, rengia Komisijos dokumentacijos planą ir kontroliuoja jo taikymą, formuojant dokumentų bylas;

45. užtikrina Komisijos archyvo fondo dokumentų kaupimą, apskaitą, tvarkymą ir saugojimą;

46. registruoja dokumentus registruose, vadovaujantis Komisijos pirmininko patvirtintu Dokumentų registrų sąrašu;

47. redaguoja Komisijos parengtus dokumentų projektus;

48. priima ir suteikia informaciją į Komisiją besikreipiantiems asmenims, organizuoja asmenų priėmimą pas Komisijos pirmininką;

49. kaupia, tvarko ir apibendrina informaciją apie Komisijoje gautus mokesčių mokėtojų skundus ir prašymus, Komisijos priimtus sprendimus, sprendimais patvirtintas ir panaikintas mokesčių sumas, apskųstus Komisijos sprendimus bei kitą informaciją, reikalingą analizuojant Komisijos veiklos rezultatus ir sudarant Komisijos veiklos ataskaitas;

50. dalyvauja komisijų ir darbo grupių veikloje;                 .

51. Komisijos pirmininkui pavedus, bendradarbiauja su valstybinės valdžios ir valdymo institucijomis ir įstaigomis bei kitomis įstaigomis, institucijomis ar organizacijomis, teikia duomenis Skyriaus kompetencijai priskirtais klausimais;                     

52. vykdo kitas teisės aktų nustatytas funkcijas, Komisijos pirmininko pavedimus.