1995 m. birželio 28 d. Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo 54 straipsnio 2 dalimi pavesta Vyriausybei mokestinių ginčų nagrinėjimui įsteigti Mokestinių ginčų komisiją, patvirtinti jos sudėtį ir nuostatus.
Vadovaudamasi minėto įstatymo nuostatomis, Lietuvos Respublikos Vyriausybė 1998 m. gruodžio 3 d. nutarimu Nr. 1396 „Dėl Mokestinių ginčų komisijos prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės įsteigimo ir jos nuostatų patvirtinimo“ įsteigė Mokestinių ginčų komisiją prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės (toliau – Komisija) ir patvirtino jos nuostatus.
Lietuvos Respublikos Vyriausybės 1999 m. kovo 25 d. nutarimu Nr. 333 „Dėl Lietuvos Respublikos Vyriausybės 1998 m. gruodžio 3 d. nutarimo Nr. 1396 „Dėl Mokestinių ginčų komisijos prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės įsteigimo ir jos nuostatų patvirtinimo“ dalinio pakeitimo“ patvirtinta Komisijos sudėtis ir jos pirmininku paskirtas Vytenis Gudelis, kuris šias pareigas ėjo iki 2003 m. gegužės mėn. 2003– 2007 m. Komisijos pirmininkas buvo Juozas Rėksnys. 2007 – 2014 m. Steponas Vytautas Jurna. Nuo 2014 m. lapkričio mėnesio Komisijos pirmininkė - Edita Galiauskaitė.
Vadovaudamasi 2004 m. balandžio 13 d. Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymu, Lietuvos Respublikos Vyriausybė 2004 m. rugsėjo 2 d. nutarimu Nr. 1119 „Dėl Mokestinių ginčų komisijos prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės nuostatų patvirtinimo“ patvirtino Komisijos nuostatus, kurie patikslinti Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2006 m. vasario 2 d. nutarimu Nr. 114. Vadovaudamasi šiais nuostatais Komisija dirba ir šiuo metu.